تعطي الشركة أولوية قصوى للتميز في جميع الجوانب المرتبطة بالسلامة والصحة المهنية، وتراعي في ذلك تطبيق نظام إدارة يتوافق وأحدث المعايير العالمية المتبعة في المجال. ويشتمل نظام السلامة في قافكو على برامج الوقاية من الحوادث وخطط الاستعداد لحالات الطوارئ والتدريب والتعريف بإجراءات السلامة وتطبيقها، وتجهيز معدات الحماية في حالات الطوارئ، وطرق كشف المخاطر والإبلاغ عنها، ووسائل وطرق التواصل وأنظمة الحوافز.

وإعترافاً بجهودها المتميزة في هذا الاتجاه فقد حصلت قافكو على شهادة (OHSAS) 18001:2007 عن التزامها بمعايير الصحة المهنية ونظم إدارة وتقييم السلامة والرعاية المسؤولة.

وقد أسفر هذا الاهتمام والإلتزام الصارم بمقومات السلامة إلى انخفاض واضح في معدلات الحوادث اليومية المرتبطة بالعمل وحدتها وخسارة أيام العمل بسبب الحوادث. وتشمل بعض المبادرات الرائدة في المجال برامج السلوك القائم على السلامة وجوائز عمال المقاولين للسلامة وملتقيات البئية والسلامة.